疼痛是子宫内膜异位症的主要症状之一，其产生的原因为异位的病灶受周期性卵巢激素的影响，而出现增生和出血等，故子宫内膜异位症疼痛的特点是痛经逐渐加剧，常于月经来潮前1～2日开始，经期第一日最剧，以后逐渐减轻，至月经干净时消失。

    痛经并非子宫内膜异位症必须具有的症状。约27％～40％的子宫内膜异位症患者并无疼痛症状。此外，痛经与前列腺素有关，子宫内膜异位症患者月经期除正常的子宫内膜产生PGF2a与PGE2外，异位的子宫内膜病灶亦能产生，过多的PGS刺激子宫过度收缩，局部缺血疼痛，疼痛的程度与病灶的大小不成正比。有的病灶虽大，但由于异位的子宫内膜被结缔组织包围其活性丧失，则无痛经症状。因此有无痛经不是诊断子宫内膜异位症的主要依据。